领星学术

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2019-07

领星新发Personalized Medicine:运用临床基因组测序技术助力中国肿瘤患者的个体化治疗

引言:前不久,领星与中国人民解放军总医院的焦顺昌教授及其团队合作撰写的学术论文“Using clinical genomic sequencing to guide personalized cancer therapy in China”于SCI期刊Personalized Medicine发表。


运用临床基因组测序技术助力中国肿瘤患者的个体化治疗

随着分子靶向治疗和免疫治疗的发展,精准医疗时代已经来临。精准医疗有时也被称为“个体化医疗”,可以根据患者的基因组、生活习惯、风俗习惯和环境的不同,为患者量身定制疾病预防、诊断和治疗服务,使患者在更有质量的生活状态下获得更可观的临床获益。

值得欣慰的是,现下我们对于肿瘤的认识日新月异,不断有新的抗肿瘤靶点被开发,各类抗肿瘤新药及新疗法的临床试验数量呈爆炸性的增长,针对性的药物或疗法也屡屡获批,一些在以前被认定为“无药可用”的肿瘤分型也在逐一被攻克。

在这样的大环境下,对于有限的肿瘤样本,使用单基因或小panel的检测或许会错失许多潜在的有价值的信息。相较之下,全外显子组测序(WES)可以为肿瘤患者的诊断、治疗和预后提供更为全面的信息,因为外显子组虽然在人类基因组中的占比不到2%,但却包含了约85%的已知致病变异。

在这项研究中,领星对一千多例中国肿瘤患者的样本进行了临床全外显子组测序(CWES),然后对其中成功检测的953例中国肿瘤患者的突变特征进行了鉴定,并与The Cancer Genome Atlas (TCGA)的WES数据进行了比对。此外,领星还对其中22例在前期治疗中失败的IV期肿瘤患者进行了长期随访,以评估CWES分析对临床结果的影响。


主要研究结果如下:

中国患者的肿瘤类型分布情况

中国肿瘤患者队列研究概况



中国肿瘤患者体细胞基因改变的频率

· APC和KRAS是导致结直肠癌发生突变的主要驱动突变,但在该检测样本范围内突变率略低于TCGA的显示结果。
· 除TP53外,在中国胃癌患者中未发现其它高频突变。
· CDH1是我国第二高发的体细胞突变基因,其突变频率与TCGA报道的相似(9.63% vs 10%),但CDH1在TCGA的报道中并不是主要的驱动基因。
· 在肺鳞癌中,最常见的拷贝数改变(CNV)是PIK3CA的扩增和CDKN2A的丢失,与TCGA报道的差距不大。
· 在中国肺腺癌患者中,EGFR突变的发生频率为45.97%,TCGA报道仅为14.35%;KRAS的突变发生频率为11.41%,TCGA报道为32.61%。这说明,中国肺腺癌患者的发病原因与国外患者不同。

中国肿瘤患者体细胞基因改变的频率



中国肿瘤患者CWES结果分析

对953份CWES报告进行分析,结果显示88.56%的患者有至少一个临床可操作的体细胞突变;约40%的患者至少携带四种潜在的免疫治疗预测生物标志物中的一种;约20%的患者被推荐使用已获得相应适应症批准的分子靶向药物。也就是说,CWES报告能够为绝大多数的肿瘤患者提供临床治疗建议。

不同癌种的中国患者携带临床可操作的体细胞基因组改变的比例



CWES分析的临床效益评估

对22例接受CWES检测的中国患者进行长期跟踪随访的结果显示,遵循CWES分析结果接受后续治疗的患者(A组)的中位无进展生存期(PFS)为12个月,较未遵循患者(B组)显著延长,B组患者的中位PFS为4个月。45%的A组患者在这一轮治疗中失败了,而B组的失败率为91%。

两组患者的无进展生存曲线

综合以上的研究结果可以一定程度上说明CWES具有增加中国IV期肿瘤患者临床获益的潜力。且据我们所知,这也是中国第一个评估CWES战略临床效益的研究。

与2016年相比,截至2018年11月,CFDA共增加了15种抗肿瘤药物,更多的药物被纳入了医保,也使得中国肿瘤患者有了更多的药物选择。在这种背景下,更多的中国肿瘤患者可以得到基于CWES分析匹配的药物,也期待临床基因组测序技术的推广能为更多肿瘤患者带来切实的获益。


论文链接: https://www.futuremedicine.com/doi/abs/10.2217/pme-2018-0056